Ich fang also mal damit an, scheint offenbar kaum einer sich damit auseinanderzusetzen.
Ich beschäftige mich nur mit dem Wichtigsten, bin ja kein Buchhalter:
In beiden Anleitungen ist vorgeschrieben, dass beim 1000er Synchronisiert werden hätte sollen. - mein 
hat das - angesichts der Arbeitsdauer - sicher nicht gemacht. Würde mich auch wundern, ich halte das für Unsinn.
Ebenso, das alle 10.000km durchzuführen. Ist ja kein offizielles Yamaha-MotoGP-Fahrzeug. So ein Quatsch. Ich mache das, wenn ich einen Verdacht empfinde.
Die Kerzen bei 20.000km zu wechseln, kann ich nachvollziehen.
Bremsschläuche und -Flüssigkeit ist m. E. ok wie angegeben. (Also werde ich in vier Jahren auf Stahlflex umrüsten.)
Bremsflüssigkeit alle zwei Jahre ist ohnehin ein Muss!
Die Schwingenschmierung ziehe ich auf den Großen Service (GS) bei 40.000km vor, ich mache das in einem Aufwasch.
Öl und Filter werde ich erstmals bei 10.000km, danach erst beim GS tauschen.
Das Lenkkopflager werde ich schlicht nur anrühren, wenn es auffällig wird.
Kühlflüssigkeit alle drei Jahre erscheint mir gut auf der sicheren Seite.
Das sind selbstverständlich keine Empfehlungen, just my two cents.